4月26日に公開されたInternet Explorer 9にて一部のフローティングウィンドウが表示されないなどの不具合が発生しています。
ちなみにこのブログのシステムJUGEMUの管理画面もひどいものです。
　具体的な検証は改めて行いますが、ブログやCMSによるサイト運営を行っている方はFireFoxにて運用することをオススメします。

Movable Type 5 は Internet Explorer 9 に対応していますか | Movable Type 4 FAQ