JMPAカラー準拠PDF制作時などで、
「黒100 のオブジェクトが抜きに設定されている」
エラーが出るとき、基本的にはIllustratorで、
全オブジェクト選択（個別オブジェクトでももちろん可）→カラーを編集→オーバープリントブラック→オーバープリントの適用

Illustrator でオーバープリントを使用する方法

…で解決するのですが、時々オーバープリントブラック設定にならない場合があり、そういう場合は該当オブジェクトを見つけて（チョイ見づらいけれどプリフライトレポートなどを参照）、個別に選択して（複数選択だとダメっぽい）

ウィンドウ→属性→塗り（線）にオーバープリント

その他（Illustrator） – オーバープリント – ネット印刷は【印刷通販＠グラフィック】

を指定すると解決しました。

　…余談ですが、新聞広告では基本的にオーバープリントブラックはオフですが、N-PDFなど一部のフリプライトチェックでは、抜きに設定されているというエラーが出てややこしいです。