iPhone（MACも？）でレイヤー付きPDFを開くと、非表示レイヤーも全て表示されてしまいます。
IllustratorでPDFを作る場合の解決作として、「上位レベルのレイヤーからAcrobatレイヤーを作成」をオフにすると解決します。
ただしアートボード上に非表示レイヤーのオブジェクトがある際に、「上位レベルのレイヤーからAcrobatレイヤーを作成」をオフにすると、PDFの容量が結構増えます。